MAN 3 Pekanbaru merupakan salah satu madrasah aliyah negeri di bawah naungan kementerian agama. Yang berlokasi di kota Pekanbaru, Provinsi Riau.diresmikan pada hari Senin,29 oktober 2018 oleh Mentri Agama Republik Indonesia, Bapak Lukman Hakim Syaifuddin, yang mana sebelum peresmiannya MAN 3 pekanbaru merupakan bagian dari MAN 2 Pekanbaru dan bernama MAN 2 pekanbaru kampus 2.
Pada awalnya tahun 2012 Bapakak Muliardi M.Pd. yang saat itu menjabat sebagai kepala MAN 2 Pekanbaru saat ini,meninjau loksi MAN 2 kampus 2 panam bersama pejabat yang berwenang baik dari kementrian agama kota, kementrian agama provinsi dan kementrian agama pusat dan pihak yang berwenangan dari walikota dan pemda. Lokasi ini direncanakan menjadi MAN 3 pekanbaru kelak. Setelah peninjuan dan segala urusan selesai ruang kelas baru pun dibangun pada tahun 2013. Setelah RKB sebanyak 4 ruangan dibangun, pada bulan juli 2014 dimulailah proses belajar menagajar sebanyak 3 rombrl. Seiring waktu berjalan pak muliardi genjar mengusulkan RKB, labor IPA, perpustakaan, labor bahasa bahkan membangun mesjid.
Semasa kepemimpinan Pak muliardi tahun 2014 untuk kelas X pertama kali berjumlah 3 rombel yakni 2 rombel jurusan IPA dan 1 rombel jurusan IPS. Tahun ke-dua pada tahun 2015 bertambah rombel menjadi 4 rombel yakni 3 rombel jurusan IPAdan 1 jurusan IPS prestasi demi prestasi mulai diraih oleh MAN 2 pekanbaru 2, baik prestasi di bidang akademik maupun nonakedemik. Prestasi demi prestasi mulai diraih di Kampus 2 yang saat ini MAN 3 Kota Pekanbaru. Pada tahun 2016 masa kepemimpinan dari Pak Muliardi berganti ke tangan Norerlinda , M.Pd. diamanatkan sebagai kepala MAN 2 pekanbaru. Pada masa kepemimpinannya oleh Ibu norerlinda, M.Pd yang menjabat sebagai kepala MAN 2 pekanbaru hingga sekarang banyak prestasi yang diraih guru dan siswa MAN 2 Kampus 2 Pekanbaru yang saat ini menjadi MAN 3 Pekanbaru.. Pada masa kepemimpinan Ibu Norerlinda rombel bertambah menjadi 5 rombel yaitu 3 jurusan 2 rombel jurusan IPS. Semakin tahun Peminat untuk kampus 2 yang saat ini MAN 3 Pekanbaru semakin meningkat menjadi 6 rombel 4 rombel jurusan IPA dan 2 rombel Jurusan IPS. Proses belajar mengajar di MAN 2 kampus 2 yang saat ini sudah menjadi MAN 3 Kota Pekanbaru di bawahkemimpinan Ibu Norerlinda, M.Pd . pada masa kepemimpinan beliau pembangunan ruang kelas baru dan fasilitas penunjangannya lainnya terus berlanjut.
Berbicara tentang prestasi, banyak sekali prestasi-prestasi yang diraih pada masa kepemimpinan ibu norerlinda, baik bidang akademik maupun nonakademik mulai dari tingkat kota, povinsi dan nasional. Sejalan dengan itu pengusulan penegrian terus dilaksanakan pada Senin, 29 Oktober 2018 resmi menjadi MAN 3 pekanbaru yang diresmikan oleh Menteri Agama Republik Indonesia tanggal 29 Oktober 2018.
Semenjak diresmikan MAN 3 Pekanbaru telah di pimpin oleh tiga Kepala Madrasah yakni, Bapak Sukeimi,M.Pd, bapak Marzuki, M.Ag dan saat ini di pimpin oleh Ibu Mery Novikawati, M.Pd. MAN 3 pekanbaru memiliki rombel sebanyak 27 rombel dengan jumlah siswa sebanyak 929 orang. MAN 3 pekanbaru akan terus berjalan dan berkembang dibawah kepemimpinan kepala Madrasah Ibu Mery Novikawati, M.Pd. dengan motto GEMILANG : giat, educatif, inovatif, luwes, agamis, nyaman ,dan gesit.